6月17日，中国民航局公布了大陆航空公司两岸包机周末化分配方案，周末包机初期阶段班次分配为：国航、东航和南航每周各4班（往返）；海航、上航和厦航各2班（往返）。方案同时规定，原则上国航、海航从北京始发，东航、上航从上海（浦东）始发，南航从广州始发，厦航从厦门始发。对于从新航点南京始发的航空公司则未作限制。毫无疑问，两岸直航将给两地航空公司带来利好。据中金公司的分析报告，预计在开通的最初几年，直航每年将为大陆航空公司利润贡献有望超过50亿元。大陆至台湾航线将成为内地航空公司市场最大而且盈利能力最强的黄金航线，预计每年将有超过1000多万人次往返两岸，至少是香港至大陆和韩国至中国市场规模的两倍。同时，东航和南航将成为最大的受益者。因为目前居住在大陆的台湾人超过35%聚居在江苏和上海，还有25%的台湾人居住在珠三角地区，10%居住在福建省，而东航、南航分别以上海和广州为基地，另外南航还持有厦门航空60%的股权。机场方面，以往从香港中转来大陆的台湾人都是经由铁路或公路到达珠三角，去厦门的台湾人则通过乘船到香港中转。两岸直航后，这部分台湾人将可从台湾直飞广州和厦门，这样一来分别将给厦门机场和白云机场旅客吞吐量增加200万和500万人次，增幅分别为25%和15%。相比之下，北京和上海的台湾人通常是乘机到香港和澳门中转，因此两岸直航并不会给上述两地的机场带来更多的客源。
